Проблема не в тому, що лізогенні фаги інтегрують свої гени в клітини людини, а скоріше в цьому іноді, коли вони інтегруються в бактеріальні клітини, вони можуть викликати у цих бактерій стійкість до антибіотиків. У цих випадках фаг і бактерія діють як мутуалісти по відношенню один до одного, але як паразити по відношенню до нас.
Фаги може викликати надмірну реакцію імунної системи або викликати дисбаланс. Деякі типи фагів не працюють так добре, як інші види, для лікування бактеріальних інфекцій. Може бути недостатньо видів фагів для лікування всіх бактеріальних інфекцій. Деякі фаги можуть викликати стійкість бактерій.
Оскільки фаги природним чином присутні в навколишньому середовищі, фармацевтичні компанії можуть запатентувати лише синтетичний бактеріофаг, який був створений за допомогою генної інженерії. що ускладнює інтеграцію в клінічну допомогу в Сполучених Штатах.
Хоча фаготерапія існує вже понад 100 років, лікування все ще не є основною частиною медицини. Американські лікарі часто використовували його в 1940-х роках, але згодом багато хто його втратив. Були деякі проблеми з тим, як регулювалася та створювалася терапія. Експерти також не можуть погодитися, наскільки добре це працює.
Завдяки нуклеопротеїновій структурі, бактеріофаги розпізнаються клітинами імунної системи, що призводить до їх нейтралізації та виведення з організму тварини чи людини.