Прогноз дає найбільш ймовірне розташування та орієнтацію трансмембранних спіралей у послідовності. Його знаходять за допомогою алгоритму під назвою N-best (або 1-best у цьому випадку), який підсумовує всі шляхи в моделі з однаковим розташуванням і напрямком спіралей.
Усі методи прогнозування спіралі ТМ використовують дві фундаментальні характеристики: (i) довжина спіралі ТМ становить принаймні 19 залишків, щоб вона була достатньою, щоб перетинати гідрофобне ядро двошару товщиною 30 Å [8], і (ii) залишки ТМ є гідрофобними з причин термодинамічної стабільності в …
TMHMM порівнює послідовність амінокислот з базою даних прихованих моделей Маркова або «HMM» (дещо з цього ви вже бачили під час оцінки збережених доменів і регіонів у вашому передбаченому білку).
Прогнозування вторинної структури білка забезпечує важливий перший крок до прогнозування третинної структури, а також пропонує інформацію про активність білків, взаємозв’язки та функції. Вторинна структура білка відноситься до поліпептидного каркасу білків локальної конформації.
Прогнозування структури білка за допомогою біоінформатики може включати пошуки подібності послідовностей, численні вирівнювання послідовностей, ідентифікацію та характеристику доменів, передбачення вторинної структури, передбачення доступності розчинника, автоматичне розпізнавання складок білка, побудову тривимірних моделей для …
Спіраль є найпоширенішою вторинною структурою, яка зустрічається в трансмембранних (ТМ) сегментах мембранних білків. Спіралі TM часто зазнають узгоджених рухів, коли мембранний білок працює, будь то він передає сигнали через мембрану або полегшує відкриття та закриття іонного каналу.