У розсекреченій доповіді, написаній Андрієм Гречко, головнокомандувачем радянських військ у Східній Німеччині, стверджується, що станом на 18 червня загальна кількість втрат становила 209 осіб. Новіші оцінки стверджують кількість загиблих принаймні 125 до кінця повстання.
З 1961 по 1988 роки понад 100 000 громадян НДР намагалися втекти через внутрішній кордон Німеччини або Берлінську стіну. Більше 600 з них були розстріляні та вбиті прикордонниками НДР або загинули іншим чином під час спроби втечі.
За оцінками, в протестах взяли участь 20 тисяч студентів. Їх зустріла жорстока поліція, і багатьох застрелили. Кількість загиблих під час повстання учнів становить зазвичай оцінюється як 176, але деякі джерела оцінюють до 700 смертельних випадків.
Щонайменше 140 люди були вбиті, намагаючись залишити комуністичну Східну Німеччину, поки Берлінська стіна була піднята. Рідко винні постають перед правосуддям. Досі тих, кого притягували до відповідальності, зазвичай звинувачували в ненавмисному вбивстві, а не вбивстві.
Бор-Коморовський та його війська потрапили в полон, а німці систематично депортували решту населення міста та зруйнували місто. У цьому другому Варшавському повстанні загинуло 15 000 повстанців і 250 000 мирних жителів, а німці програли близько 16 тисяч чоловік.
У 1962 році Радянська влада та східні німці додали другий бар’єр приблизно на 100 ярдів позаду початкової стіни, створивши між стінами нічийну територію, яка суворо охороняється. Після того як стіна піднялася, при спробі втекти на Захід загинуло понад 260 осіб.