Самозапліднення включає гамети однієї особини та призводить до генетично ідентичного потомства, тоді як перехресне запліднення включає гамети двох різних особин і призводить до генетично різноманітного потомства.
Основна відмінність між самозаплідненням і перехресним заплідненням полягає в тому процес запилення, що призводить до багатьох різних типів порід і результатів, і це продовжує змінюватися з роками. Запилення відбувається всередині квіток однієї рослини.
Перехресне запилення — перенесення пилку з пиляка однієї квітки на рильце іншої квітки на іншій особині того самого виду. Самозапилення відбувається в квітках, у яких тичинка і плодолисток дозрівають одночасно і розташовані так, щоб пилок міг потрапити на рильце квітки.
Подібність внутрішнього запліднення і зовнішнього запліднення полягає в тому сперматозоїд зливається з яйцеклітиною, утворюючи зиготу. Відмінність полягає в тому, що при внутрішньому заплідненні злиття відбувається всередині тіла організму, тоді як при зовнішньому заплідненні злиття відбувається поза тілом організму.
Самозапліднення: сперма однієї тварини або рослини. Перехресне запліднення: запліднення однієї рослини пилком іншої рослини. Організми справжньої селекції: різновиди, для яких самозапліднення дало нащадків, які всі ідентичні батьківським.
Перехресне запліднення може бути більш ефективним, оскільки воно вводить нові гени в рослину, що може допомогти зробити рослину більш стійкою до хвороб або шкідників. Самозапліднення також може призвести до інбридингу, який може спричинити генетичні відхилення у рослини.