Крім того, він був звинувачений у кримінальній справі та 20 червня 1967 року визнаний винним у відмові призову до збройних сил США та засуджений до п'ять років у в'язниці. Незважаючи на те, що він залишався на свободі під заставу, минуло чотири роки, перш ніж його засудження було одностайно скасовано Верховним судом США на вузькій процесуальній підставі.
Якщо потрібно зареєструватися в Selective Service, відмова від реєстрації є злочином, який карається штрафом у розмірі до 250 000 доларів США та/або 5 років позбавлення волі. Крім того, особа, яка свідомо консультує, допомагає або підбурює іншу людину до невиконання вимог щодо реєстрації, підлягає такому самому покаранню.
Суддя Поттер Стюарт запропонував компроміс, згідно з яким засудження Алі було скасовано, посилаючись на технічну помилку Міністерства юстиції. Це поступово завоювало одностайну згоду восьми суддів з правом голосу, усі з яких, за самовідводом судді Маршалла, були білими.
Чому Мухаммед Алі програвав бої? Він програв п'ять разів у своїй кар’єрі — Джо Фрейзеру в 1971 році, Кену Нортону в 1973 році, Леону Спінксу в 1978 році, Ларрі Холмсу в 1980 році та Тревору Бербіку в 1981 році.
У Федеральному суді було висунуто щонайменше 20 обвинувальних актів за порушення проектів законів про реєстрацію. Останній – у 1986 році. Найсуворіший вирок – 2,5 роки позбавлення волі; жоден не відбував ув'язнення більше 6 місяців, разом з урахуванням часу попереднього ув'язнення.
Відмова від призову тягне за собою суворе покарання, включаючи штрафи та тюремне ув'язнення. Відповідно до Закону про вибіркову військову службу, тим, хто не зареєструється або відмовиться від призову, може загрожувати до п’яти років ув’язнення та штраф до 250 000 доларів США.