Води Скапа-Флоу підтримують національно важливу чисельність великого гнуза та слов'янської поганки. Підводні середовища існування, такі як ліжка морської трави, також мають велике природоохоронне значення.
Після Другої світової війни загроза ворожої сили з боку Німеччини зникла. Данія та Норвегія могли б закупорити Балтійське море, тому утримання великого флоту в Скапа-Флоу не мало сенсу. Через величезну вартість. Скапа-Флоу став важливим лише перед Першою світовою війною, коли альянси змінилися.
Назва Scapa Flow походить від давньоскандинавського Skalpaflói, що означає «затока довгого перешийка', що відноситься до тонкої смужки землі між затокою Скапа та містом Кіркволл. Скапа-Флоу використовувався як гавань з часів вікінгів, а вікінги дали йому назву Скальпафлоі.
Зусилля почалися із запізненням, щоб усунути занедбаність у мирний час, але не були завершені вчасно, щоб запобігти успішному проникненню ворожих сил. 14 жовтня 1939 року під командуванням Гюнтера Пріна U-47 проникла в Скапа-Флоу і потопила лінкор часів Першої світової війни HMS Royal Oak, що стояв на якорі в Скапа-Бей.
Натомість затоплення німецького флоту у відкритому морі в Скапа-Флоу було навмисним актом диверсії за наказом командира, який відмовився дозволити своїм кораблям стати здобиччю війни. Це була найбільша втрата військових кораблів в історії дев'ять німецьких моряків Загиблі того дня були останніми, хто загинув під час Першої світової війни.