Історія Субік-Бей відображає багато століть воєн і турбулентності. Затока має стратегічне значення як захищена глибоководна гавань. У свою чергу, це призвело до того, що воно стало осередком морського конфлікту протягом сотень років. Субік-Бей був окупований іспанськими, японськими та американськими військовими.
З 1901 по 1992 рік Сполучені Штати керували військово-морською базою Subic Bay Naval Station на південно-східному узбережжі затоки, найбільша військово-морська споруда на Філіппінах. Ця територія сильно постраждала під час Другої світової війни; його зайняли японці в 1942 році і відбили війська союзників у 1944 році.
Закриття через розбіжності щодо вартості оренди З 1988 по 1992 рік уряд США та уряд Філіппін намагалися переглянути умови розширення військових баз у Субіку та Кларку. Це стосувалося Угоди про військові бази 1947 року, термін дії якої мав закінчитися.
Субік був заснований наприкінці 1607 р. монахами-августинцями на чолі з преп. О. Родріго де Сан Мігель, і корінні жителі Субіка були християнізовані під іспанським правлінням.
У 1992 році національний уряд Філіппін створив спеціальну економічну зону, що охоплює порт та його околиці, які не контролюються містом Олонгапо; утворена зона Фріпорту Субік-Бей належала державному підприємству, відомому як Столична адміністрація Субік-Бей.
97-A має роз’яснити податкові та безмитні привілеї в межах спеціальної економічної та вільної портової зони (SSEFPZ) на Філіппінах. Розпорядження спрямоване на залучення як місцевих, так і іноземних відвідувачів до зони, дозволяючи жителям і відвідувачам імпортувати та споживати певні товари без податків і зборів..