Використовуються скорингові матриці щоб визначити відносну оцінку, отриману шляхом зіставлення двох символів у послідовному вирівнюванні. Зазвичай це логарифмічні коефіцієнти ймовірності того, що два символи походять від загального характеру предка. 21 лютого 2010 р.
Ця матриця перелічує бали заміни кожної окремої амінокислоти. Оцінка для вирівняної пари амінокислот знаходиться на перетині відповідного стовпця та рядка. Наприклад, оцінка заміни аргініну (R) на лізин (K) дорівнює 2. Діагональ показує бали для амінокислот, які не змінилися.
Матриця оцінки — це інструмент, який допомагає оцінити кілька варіантів на основі набору критеріїв. Він складається з таблиці, у якій перераховані критерії в рядках і параметри в стовпцях. Кожен критерій має вагу, яка відображає його важливість або пріоритет. Кожен варіант має оцінку, яка вказує, наскільки він відповідає критерію.
Схема нарахування очок складається з бали заміни символів (тобто бали за кожну можливу заміну символу) плюс штрафи за пропуски. Оцінка вирівнювання — це сума очок за заміну та штрафів за відрив. Оцінка вирівнювання відображає якість вирівнювання.
Матриці BLOSUM також використовуються як матриця оцінки під час порівняння послідовностей ДНК або білкових послідовностей для оцінки якості вирівнювання. Ця форма системи підрахунку балів використовується в широкому діапазоні програмного забезпечення для вирівнювання, включаючи BLAST.
Вони корисні для опис систем лінійних або диференціальних рівнянь, а також представлення лінійного застосування. Кожна матриця позначається великою літерою, а її елементи наводяться малими літерами в списку, укладеному в круглі або квадратні дужки.