Оцінка вирівнювання обчислюється за додавання оцінок заміни, визначених для кожної вирівняної пари літер, і оцінок пропусків для кожного ряду літер в одному сегменті, вирівняному з нульовими символами, вставленими в інший. Ключове питання полягає в тому, які бали вирівнювання можна очікувати випадково.
Схема нарахування очок складається з бали заміни символів (тобто бали за кожну можливу заміну символу) плюс штрафи за пропуски. Оцінка вирівнювання — це сума очок за заміну та штрафних санкцій. Оцінка вирівнювання відображає якість вирівнювання.
Оцінка 5 означає ідеальне вирівнювання, від 1 до 4 позначає зсув від сильного до граничного, а 0 означає повну помилку вирівнювання. Більшість випадків були добре узгоджені, як показано на рис. 13, а середні бали становили 4.
Оцінки вирівнювання є розраховується для кожного входу з використанням попереднього вбудовування декодера та вивчених параметрів у функції вирівнювання. декодер використовує попередній прихований стан декодера разом із вектором контексту, щоб створити передбачення поточного слова.
Попарна оцінка розраховується для кожної пари послідовностей, які потрібно вирівняти. Ці бали представлені в таблиці в результатах. Попарні бали обчислюються як кількість ідентичностей у найкращому вирівнюванні, поділена на кількість порівнюваних залишків (геп-позиції виключаються).
Для того, щоб вирівняти пару послідовностей, необхідна система підрахунку балів для оцінки збігів і невідповідностей. Система нарахування балів може бути простою «+1» для відповідності та «-1» для невідповідності між парою послідовностей на будь-якому даному місці порівняння.