Щоб каталізувати реакцію, фермент прилипає (зв'язується) з однією або декількома молекулами реагентів. Ці молекули є субстратами ферменту. У деяких реакціях субстрат розпадається на кілька продуктів. В інших два субстрати з’єднуються разом для створення більшої молекули або для обміну частинами.
Ферменти зменшити енергію активації реакції, тобто кількість енергії, необхідна для виникнення реакції. Вони досягають цього, зв’язуючись із субстратом і утримуючи його таким чином, щоб реакція проходила ефективніше.
The ферменти виробляють наступні види реакції: окислювально-відновні (або окисно-відновні), перенесення функціональних груп, гідроліз (розпад молекул), відщеплення функціональних груп, ізомеризація (перегрупування молекули), синтез (об'єднання молекул ковалентним зв'язком).
Основним механізмом дії ферменту є каталізують хімічні реакції , який починається зі зв’язування субстрату з активним центром ферменту. Цей активний центр є певною ділянкою, яка поєднується з субстратом.
Серинові протеази використовують чотири основні каталітичні механізми під час реакційного циклу: кислотно-основний каталіз, ковалентний каталіз, електростатичні взаємодії та десольватація .
Механізм ферментативної дії. фермент притягує субстрати до свого активного центру, каталізує хімічну реакцію, в результаті якої утворюються продукти, а потім дозволяє продуктам дисоціювати (відокремлюватися від поверхні ферменту) . Комбінація, утворена ферментом і його субстратами, називається фермент-субстратним комплексом.